この事例は、令和元年６月27日、東京地裁で出された判決です。
この事案では、原告の完全子会社を消滅会社とする適格合併が行われ、その際完全子会社が持っていた青色欠損金を法人税法５７条２項の適用により原告の欠損金として申告したところ、法人税法１３２条の２（組織再編成に係る行為又は計算の否認）の適用による更正処分を受けたものです。

一般的に、５年以上完全子会社として支配していた会社にに存在している青色欠損金は完全親会社がその完全子会社と合併することにより、親会社に引き継ぎ、親会社の利益と相殺することが認められています（法人税法５７条２項、３項）。

今回の事件は、５年以上完全子会社として支配していた会社を合併したにもかかわらず、組織再編成に係る行為計算否認（法人税法１３２条の２）によって完全子法人の青色欠損金の引き継ぎが認められなかった事案です。

その理由は主に次のようなものであります。
① 完全子会社の青色欠損金の引き継ぎに「５年以上支配していること」という制限を設けている法人税法５７条３項について、あくまでも典型的な租税回避行為として予め想定されるものを対象として定めた具体的規定に過ぎず、青色欠損金を利用したあらゆる租税回避行為を予め想定して網羅的に定めたものとは言いがたい。よって、５年以上支配が続いていたとしても、法人税の負担を不当に減少させる結果となると認められる場合がある。
② 本件の合併では、合併と共に新子会社を設立し、旧子会社の事業はほぼそのままの姿で新子会社に引き継がれている。そうすると、会社は旧子会社の持っていた青色欠損金だけを引き継いだに等しい。これでは、組織再編税制が通常想定しているような事業の移転及び継続という実質が伴っているとはいえず、実態とは乖離した形式を作出する不自然な取引である。

実務ではよく、５７条３項に登場する５年ルールで欠損金の引き継ぎ可否を考えがちですが、このルールを形式的に適用しようとすると、大変危険であり、やはり実態の伴う組織再編にする必要があるでしょう。